Laboratory of Bioinformatics Analyses for Genomics and Metabolism
The aim of this PhD thesis is to achieve new methodological developments for the comparative study of pangenomes. This will involve the development of new bioinformatic methods for inter-pangenome comparisons, which will be particularly based on the developments carried out
PPanGGOLiN (Gautreau et al. 2020) is a software suite used to create and manipulate prokaryotic pangenomes from a set of either genomic DNA sequences or provided genome annotations. It is designed to scale up to tens of thousands of genomes.
Horizontal gene transfer (HGT) is a major source of variability in prokaryotic genomes. Regions of Genome Plasticity (RGPs) are clusters of genes located in highly variable genomic regions. Most of them arise from HGT and correspond to Genomic Islands (GIs).
Contexte : Le Genoscope (CEA, Institut de Biologie François Jacob) est un centre de référence français en génomique environnementale qui réalise des analyses à grande échelle pour la compréhension des écosystèmes, notamment dans le contexte des grands changements environnementaux. Son
Analyse pangénomique des voies métaboliques chez les archées Description Lieu : Vous serez accueilli au sein du Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM, UMR8030, https://labgem.genoscope.cns.fr) du Genoscope (Institut de biologie François Jacob – CEA – Evry),