Ingénieur en développement d’applications Web

Description du poste

Localisé au CEA/Genoscope, un centre de recherche scientifique dédié à la génomique  environnementale, le Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM, UMR8030, https://labgem.genoscope.cns.fr) s’intéresse à l’analyse et l’exploration de la diversité des microorganismes et de leur métabolisme. Dans ce cadre, notre équipe a développé une expertise très pointue dans le domaine de l’annotation et l’analyse comparée de génomes microbiens notamment à travers la plateforme MicroScope (https://mage.genoscope.cns.fr/microscope) qui est membre de l’IFB (Institut Français de Bioinformatique, https://www.france-bioinformatique.fr). La plateforme est utilisée par une communauté internationale de plus de 5 000 utilisateurs et contient plus de 14 000 génomes.

Le domaine connaît plusieurs évolutions majeures: annotation de milliers de génomes, analyses métagénomiques et pangénomiques, données FAIR, etc. Ces évolutions posent des défis en matière de représentation des données (graphes), de calcul et de stockage. Dans ce contexte, le laboratoire développe deux nouvelles ressources dans le cadre des projets PanGBank (collections de pangénomes) et ALADIN (bases de données de familles d’enzymes). Ces ressources s’appuient sur des workflows bioinformatiques développés au laboratoire dont les résultats doivent être mis à disposition de la communauté sous la forme d’un site web et d’un accès programmatique.

Dans cet objectif, un poste d’ingénieur en développement d’applications est ouvert au LABGeM.

Missions & activités

Mission: conception et développement des sites web et des API pour exposer les ressources de PanGBank et ALADIN.

Activités:

  • Conception, choix technologiques et implémentation des ressources: API, interface avec le WF de calcul.
  • Interface avec la plateforme MicroScope.
  • Participation à l’encadrement de CDD, stagiaires et alternants.

Profil

Ingénieur en informatique possédant des compétences dans les domaines suivants :

  • Programmation Web & API REST
  • Base de données (SQL, la connaissances des approches noSQL est un plus)
  • Gestion de projets logiciels : dépendances, versioning, déploiement
  • Déploiement d’applications au sein d’infrastructures cloud, microservices (idéalement)

Une connaissance de base des concepts de la bioinformatique est un plus.

Expérience souhaitée : 1 à 3 années.

Contrat

  • Ingénieur CEA, 36 mois.
  • Rémunération en fonction de l’expérience (grille CEA).
  • Début: idéalement avant septembre 2021.

Candidature

Pour postuler, merci de nous faire parvenir un CV ainsi qu’une lettre de motivation aux adresses suivantes : mdubois@genoscope.cns.fr​, vallenet@genoscope.cns.fr.

Ingénieur en développement d’applications Web