Description
Contexte scientifique :
Les Thermococcales sont un ordre d’archées anaérobies et hyperthermophiles, qui vivent au niveau des cheminées océaniques hydrothermales et au niveau de sources chaudes terrestres à pH neutre 1–3. Elles sont utilisées comme organisme modèle pour l’étude de la vie à haute température (avec une température optimale de croissance entre 75 et 105°C). Afin de mieux comprendre la plasticité des génomes de ce groupe d’archées, un programme de séquençage de souches de Thermococcales isolées dans différentes régions du globe a été financé par le projet ERC EVOMOBIL de Patrick Forterre (Institut Pasteur, I2BC) qui implique en plus du Genoscope différents collaborateurs Jacques Oberto (CNRS, I2BC), Mohamed Jebbar (CNRS, IFREMER, UBO Université Brest Occidentale), Philippe Oger (CNRS, INSA- Lyon).
Les premiers résultats de génomique comparée suggèrent que ces génomes appartiennent à 6 genres et 57 espèces différentes, et que parmi le génome ‘persistant’ des Thermococcales sont retrouvés des gènes codants entre autres des protéines de voies de synthèse de l’archaeol (des lipides spécifiques aux archées) et du métabolisme du soufre…
Mission :
L’étudiant sera impliqué dans :
- L’analyse de pangénomes des Thermococcales au niveau des espèces et des genres
- La prédiction des voies métaboliques codées par les génomes de ces différentes souches
- L’étude de la distribution de ces différentes voies métaboliques à l’échelle des pangénomes
- Des analyses phylogénomiques.
L’objectif sera de comprendre l’histoire évolutive des différentes voies métaboliques en discutant de leur présence ancestrale, leur acquisition par des événements de transferts horizontaux ou leur perte. Ces analyses permettront de préciser les particularités métaboliques des différents genres et espèces des Thermococcales pour émettre des hypothèses sur leur capacité d’adaptation à différents environnements.
Contacts :
Violette Da Cunha (vdacunha@genoscope.cns.fr)
Références :
1. Zillig, W., Holz, I., Janekovic, D., Schäfer, W. & Reiter, W. D. The Archaebacterium Thermococcus celer Represents, a Novel Genus within the Thermophilic Branch of the Archaebacteria. Syst Appl Microbiol 4, 88–94 (1983).
2. Lepage, E. et al. Molecular diversity of new Thermococcalesisolates from a single area of hydrothermal deep-sea vents as revealed by randomly amplified polymorphic DNA fingerprinting and 16S rRNA gene sequence analysis. Appl Environ Microbiol 70, 1277–1286 (2004).
3. Albers, S. V. & Siebers, B. The Prokaryotes: Other Major Lineages of Bacteria and The Archaea. The Prokaryotes: Other Major Lineages of Bacteria and The Archaea vol. 9783642389 (Springer Heidelberg New York Dordrecht London, 2014).