Localisé au CEA/Genoscope, un centre de recherche scientifique dédié à la génomique environnementale, le Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM, UMR8030, labgem.genoscope.cns.fr) s’intéresse à l’analyse et à l’exploration de la diversité des microorganismes et de leur métabolisme. Dans ce cadre, notre équipe a développé une expertise très pointue dans le domaine de l’annotation et de l’analyse comparée de génomes microbiens notamment à travers la plateforme MicroScope (mage.genoscope.cns.fr/microscope). La plateforme MicroScope est utilisée par une large communauté de microbiologistes en France et à l’international (plus de 6 000 comptes utilisateurs) et contient près de 20 000 génomes dans son instance principale. Elle est membre de l’IFB (Institut Français de Bioinformatique, www.france-bioinformatique.fr).
Face à une demande toujours accrue d’analyse de génomes, plusieurs challenges technologiques doivent être adressés pour annoter, comparer et gérer cette masse de données de façon efficace. Ces évolutions touchent les différents composants de MicroScope : (i) workflows d’analyse avec une parallélisation des tâches sur des milliers de cœurs (HTC) (ii) bases de données de plusieurs téraoctets et (iii) interfaces graphiques Web.
Mission
Pour relever ces nouveaux défis et maintenir la plateforme MicroScope à son plus haut niveau technologique, nous recherchons un ou une ingénieur-e de recherche qui supervisera les développements informatiques en collaboration avec les responsables scientifiques de la plateforme. Il-elle conduira, avec les ingénieurs de l’équipe (environ 5 personnes), l’analyse, le développement, l’intégration et le déploiement des solutions logicielles mises en œuvre. Ces activités s’inscriront également dans un contexte plus large visant à mutualiser au niveau national et européen des initiatives dans les domaines de la bioinformatique et de la génomique.
Activités
- Orienter et coordonner les activités de développement logiciel dans le cadre de la plateforme MicroScope
- Mettre en place des solutions innovantes (modèle de données, algorithmes) pour répondre aux challenges technologiques d’annotation et de comparaison de millions de génomes
- Participer au développement de nouvelles méthodes bioinformatiques avec les chercheurs de l’équipe
- Participer aux choix d’infrastructure informatique et à leur validation pour la mise en oeuvre des solutions
- Assurer l’encadrement des ingénieurs de la plateforme
Profil
Ingénieur de recherche (niveau Master avec expérience ou Doctorat) en informatique ou en bioinformatique avec une forte composante développement et possédant des compétences dans les domaines suivants :
- Conception et le développement d’applications à architecture multi-tiers : base de données, système de production (workflow/HTC), interface utilisateur Web
- Management et gestion de projets logiciels
- Modélisation et programmation objet (python)
- Parallélisation de calculs sur systèmes HTC
- Systèmes d’exploitation Linux/Unix et langages de script
Des compétences additionnelles sont souhaitées dans :
- Le développement de méthodes bio-informatiques à grande échelle
- Déploiement d’applications suivant le modèle DevOps
Ce profil demande également des compétences managériales dans l’animation d’une équipe et la planification/gestion de tâches. Une bonne capacité de communication orale et écrite (anglais et français) est indispensable. Des notions en génomique et microbiologie seraient un plus.
Contrat
- Ingénieur CDD-OD CEA de 36 mois avec objectif de pérennisation du poste durant le contrat
- Rémunération en fonction du diplôme et de l’expérience (grille CEA).
- Début dès que possible.
Pour postuler, merci de nous faire parvenir un CV ainsi qu’une lettre de motivation aux adresses suivantes : acalteau@genoscope.cns.fr, vallenet@genoscope.cns.fr.