Contexte
Localisé au CEA/Genoscope d’Évry, un centre de recherche scientifique dédié à la génomique environnementale, le Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM, UMR8030, labgem.genoscope.cns.fr) s’intéresse à l’analyse et à l’exploration de la diversité des microorganismes et de leur métabolisme. Dans ce cadre, notre équipe a développé une expertise pointue dans le domaine de l’assemblage, l’annotation et de l’analyse comparée de génomes procaryotes notamment à travers la plateforme MicroScope (mage.genoscope.cns.fr/microscope).
Nous recherchons un ou une ingénieur-e d’étude en analyse génomique dans le cadre du projet ANR MTB-CPR. Ce projet cherche à étudier la biodiversité de l’interaction symbiotique entre des bactéries magnétotactiques et des nanobactéries, et d’en élucider les bases fonctionnelles de l’interaction physique et de la coopération.
Mission
L’ingénieur(e) d’étude sera chargé(e) de l’assemblage des génomes issus de single cells et de leurs analyses génomiques (annotation fonctionnelle des génomes, phylogénie et recherche de gènes marqueurs de la symbiose).
Profil
Ingénieur(e) d’étude (niveau Master) en bioinformatique et/ou génomique avec un fort attrait pour l’analyse de génomes.
Des compétences sont souhaitées en :
Génomique : bonnes connaissances en architecture des génomes avec expérience en manipulation bioinformatique de séquences génomiques. Des connaissances en génomique microbienne sont appréciées. Informatique : connaissance du système d’exploitation Linux/Unix et de langages de script (Bash et Python).
Le projet ANR est porté par Christopher Lefèvre du CEA de Cadarache (https://www.cite-des-energies.fr/biam/recherche/beamm-accueil/) et repose sur un consortium multidisciplinaire couplant microbiologie environnementale, génomique single-cell, microscopie et phylogénomique. Une bonne capacité de communication orale est nécessaire pour ce poste afin de partager les résultats avec les différents partenaires du consortium.
Contrat Ingénieur CDD CEA de 24 mois Rémunération en fonction du diplôme et de l’expérience (grille CEA). Vingt-trois jours de RTT par an. Jusqu’à trois jours de télétravail par semaine. Début de contrat flexible mais avant décembre 2024.
Pour postuler, merci de nous faire parvenir un CV ainsi qu’une lettre de motivation aux adresses suivantes : raphael.meheust@genoscope.cns.fr