Chaire de professeur junior « ModelOmics »

ModelOmics : approches en génomique environnementale pour la modélisation du métabolisme de communautés microbiennes et l’étude de son évolution dans les écosystèmes


Mots-clés : modélisation, biologie computationnelle, biologie des systèmes, génomique environnementale, métabolisme microbien dans les écosystèmes

Type de contrat : chaire de professeur junior (plus d’information sur les CPJ ici, la qualification n’est pas requise)
Durée : 6 ans maximum à partir du 1.9.22
Rémunération : 3440 € brut mensuel
Package financier : co-financements ANR 250 k€ + CNRS 150 k€ pour le recrutement (doctorant, post-doctorant, ITA) ou équipement/fonctionnement

Établissement porteur : Université d’Evry-Val-d’Essonne (UEVE) / Université Paris Saclay
Établissement partenaire : CNRS
Laboratoire d’accueil : UMR 8030 CNRS-CEA-Université d’Evry, « Génomique Métabolique », Directeur Patrick WINCKER

Contexte de l’unité Génomique Métabolique :
L’UMR Génomique Métabolique a pour thèmes principaux :
– l’exploration de la diversité du vivant par l’analyse des (méta)génomes
– la compréhension fine du métabolisme microbien
– la diversification de la chimie du vivant par biologie synthétique.

L’unité développe des approches interdisciplinaires qui vont de la génomique à l’évolution « supervisée » des micro-organismes via la biologie moléculaire, l’ingénierie métabolique, la biochimie, la bioinformatique et la chimie analytique. Elle est impliquée dans plusieurs consortia internationaux tels que Tara Oceans (exploration métagénomique marine) et ERGA (catalogue génomique de la biodiversité Européenne) ce qui participe à son rayonnement.

Dans ce contexte particulier de la génomique environnementale, il est apparu que la diversité d’un écosystème ne tient pas que du hasard et qu’elle contribue à son équilibre. Pour développer des stratégies innovantes d’exploration de données, un recrutement à l’interface de la génomique et de la recherche méthodologique permettrait la modélisation du métabolisme et l’exploration fonctionnelle de communautés microbiennes complexes, afin d’identifier des déterminants métaboliques d’intérêt majeur pour l’environnement mais aussi des activités enzymatiques pour des applications en biologie synthétique.

Projet scientifique :
Les recherches de cette CPJ viseront, par des approches bioinformatiques combinant modélisation et intégration de données multi-omiques, à comprendre la structuration et l’adaptation de consortia de micro-organismes à leurs environnements, en déterminant leurs capacités fonctionnelles individuelles et collectives (interactions, symbioses/holobiontes). Il s’agira de développer des méthodes de modélisation des réseaux métaboliques à l’échelle des organismes et des communautés et d’exploiter les larges quantités de données disponibles notamment par des techniques d’exploration de réseaux multicouches et d’apprentissage supervisé ou non.

Les attendus du projet sont de :
– déchiffrer les relations métaboliques au sein des communautés microbiennes et les associer avec les traits fonctionnels des organismes pour définir leurs rôles dans les cycles biogéochimiques,
– identifier de nouvelles fonctions métaboliques et
– étudier l’évolution des familles d’enzymes et voies métaboliques.

Ce poste en biologie computationnelle et des systèmes s‘appuiera sur les compétences expérimentales en biochimie et en (méta)génomique de l’UMR, en relation avec les laboratoires de statistique et d’informatique de l’Université Paris-Saclay.

Projet d’enseignement :
Le Département de Biologie de l’UEVE souhaite former les étudiants aux nouvelles technologies très tôt dans leur cursus. Ainsi un effort très important a été réalisé en Licence et Master pour développer des enseignements :(i) sur les traitements bioinformatiques des données issues des technologies haut-débit de la génomique structurale et fonctionnelle (ii) de la post-génomique (iii) en lien avec les domaines de la biologie, de la santé, des biotechnologies, de l’environnement mais aussi des technologies du numérique. Les enseignants-chercheurs de l’UMR 8030 sont impliqués dans plusieurs actions de ces formations, de même les chercheurs CNRS ou CEA qui interviennent dans 6 modules de Master (MSSB, BIP végétale, ICBM, BTCG, GENIOMHE, chimie pharmaceutique).

La CPJ renforcera l’équipe pédagogique sur les aspects bioinformatique/analyse de données et enseignera dans plusieurs modules des mentions de Licence et Master. L’équipe en charge des enseignements autour de la bioinformatique comprend un PR et 3 MCU. Les filières concernées sont :
– Licences mention « Sciences de la Vie » et de Double Diplôme « Informatique, Sciences de la Vie ».
– Masters mentions « Genomics Informatics and Mathematics for Health and Environment (GENIOMHE) », « Biologie Intégrative et Physiologie » et « Biologie-Santé ».

Candidature :
Dépôt des dossiers sur la plateforme Galaxie du 7.3.22 au 6.4.22
– créer un compte sur Galaxie
– se connecter et cliquer sur “Recrutement MCF/PR->Nouvelle Candidature”
– rechercher le poste en cliquant sur “Rechercher les postes” avec les critères suivant : Corps – Professeur des universités, Section(s) – 64 – Biochimie et biologie moléculaire, Type de candidature – Chaire prof. junior, Région choisie – ILE-DE-FRANCE
– Sélectionner le poste numéro 4269 et cliquer sur “créer une candidature”.

Le dossier de candidature à compléter se trouve ici.
Autre documents demandés : pièce d’identité, diplôme de doctorat et rapport de soutenance

Contact :
Pour plus d’information et échanger sur le projet de recherche merci de contacter David Vallenet (vallenet@genoscope.cns.fr, responsable de l’équipe LABGeM)

Chaire de professeur junior « ModelOmics »